Biologische Modellering 2019

tree of life

Video clips

Deze pagina geeft links naar videoclips en pdf-files met uitleg en voorbeelden over het gebruik en installeren van Grind, het uitvoeren van algebra met vrije parameters, het schetsen van functies en nullclines, en gebruik van Tilman-diagrammen. Sommige video's hebben een bijbehorende pdf (het script) waar dezelfde stof nog iets uitgebreider aan de orde komt. Lees ook die scripts (want ze zijn beter dan de video's)!

Grind

Voor het gebruik en installeren van Grind bieden we 3 video's:

  • De video grind.mp4 laat zien hoe je grind.R kan openen in RStudio en hoe je RStudio kunt gebruiken om een model te openen en analyseren.
  • The video installGrind.mp4 laat zien hoe je grind.R en de 3 vereiste bibliotheken in RStudio kan installeren.
  • De video with.mp4 geeft uitleg over de "with" statement in Grind modellen. Deze laatste video over "with" komt met een kort script.pdf.

Algebra

We bieden een aantal video's aan waarin wordt uitgelegd hoe je vergelijkingen kunt oplossen die zijn samengesteld uit vrije parameters (d.w.z. vergelijkingen met letters in plaats van cijfers). De video's worden ondersteund door het volgende script.pdf:

  • De video algebra1.mp4 geeft een inleiding en een eenvoudig voorbeeld.
  • De video algebra2.mp4 laat zien hoe je een systeem van lineaire vergelijkingen kan oplossen.
  • De video algebra3.mp4 geeft een eenvoudig voorbeeld voor het oplossen van een stelsel van kwadratische vergelijkingen.
  • De video algebra4.mp4 laat zien hoe een algemeen stelsel van kwadratische vergelijkingen kan worden opgelost.
  • De video algebra5.mp4 laat zien hoe je moet werken met ratio's.
  • De video algebra6.mp4 illustreert basisregels voor machten, wortels en logaritmen.

Schetsen van functies

We bieden een set video's aan voor het schetsen van niet-lineaire functies die zijn samengesteld uit vrije parameters (d.w.z. vergelijkingen met letters in plaats van cijfers). De video's worden ondersteund door het volgende script.pdf:

  • De video sketch1.mp4 geeft een inleiding en een eenvoudig voorbeeld.
  • De video sketch2.mp4 laat zien hoe je exponentiële functies kunt schetsen.
  • De video sketch3.mp4 laat zien hoe je derde-orde functies kunt schetsen.
  • De video sketch4.mp4 laat zien hoe je rationele functies kunt schetsen (bijvoorbeeld een Hill-functie).
  • De video sketch5.mp4 is het vervolg van sketch4.mp4
  • De video sketch6.mp4 laat zien hoe je een functie schetst met een schuine asymptoot.
  • De video sketch7.mp4 geeft een voorbeeld van een optimum functie.

Nullclines in een toestandruimte

We geven twee voorbeelden waarbij we de nullclines en het vectorveld van tweedimensionale ODE-modellen schetsen. De video's worden ondersteund door het volgende script.pdf:

  • De video null1.mp4 laat zien hoe de faseruimte van het Lotka-Volterra-model kan worden geschetst.
  • De video null2.mp4 s toont hoe de faseruimte van een model met niet-lineaire nullclines wordt geschetst.

Tilman diagrams

Als nullclines elkaar snijden in een Tilman diagram hoeft dat helemaal geen evenwicht te zijn. Deze video's leggen uit hoe je kunt vaststellen of zo'n snijpunt een evenwicht is, en of dat evenwicht wel of niet stabiel is. De video's worden ondersteund door het volgende script.pdf:

  • De video tilman1.mp4 laat zien hoe consumer nullclines worden getekend in een toestandsruimte van de resources.
  • De video tilman2.mp4 laat zien hoe men impact vectors kan tekenen rond een snijpunt van de isoclines.
  • De video tilman3.mp4 berekent de dominante eigenwaarde met Routh Horwitz criteria: deze is altijd negatief.
  • De video tilman4.mp4 doet hetzelfde voor een systeem met conversie parameters: de steady state kan nu instabiel worden.