Biologische Modellering 2018

tree of life

Homepagina Biologische Modellering

Deze pagina voorziet in wat praktische informatie over de cursus Biologische Modellering. In de verschillende menu's kun je extra informatie over het dictaat en de computerpractica vinden. Voor inhoudelijke informatie verwijzen we naar Osiris (zie knop rechts).

De belangrijkste pagina van de cursus is waarschijnlijk de Rooster pagina. Op deze agenda geven we per dag aan in welke zaal we zitten, waar we zijn met de stof, welke opgaven je kunt maken, en welke artikelen je moet lezen. Deze rooster pagina komt uit een Google-kalender (die je ook met je smartphone kunt lezen door je via deze link te abonneren).

We werken met een aantal dictaten en handleidingen en die worden bij aanvang van het eerste college voor een totaalprijs van 20 Euro wordt verkocht. Je kunt ze vanaf 30 augustus ook downloaden: het gaat in eerste instantie om het algemene Dictaat, het antwoorden boek, het wiskunde dictaat, het Grind tutorial, een formulekaart, en een korte Introduction to R. Later in cursus verstrekken we nog een bundel artikelen.

De eerste vijf weken van de cursus leer je zelf wiskundige modellen maken en analyseren. De zesde week is voorbereiding voor een tussentoets op vrijdag 12 oktober over deze stof. Bij dit tentamen mag je het algemene dictaat NIET gebruiken (de formulekaart en het wiskunde dictaat wel).

Tijdens de computer practica ga je werken in RStudio met een R-script dat grind.R heet. Gebruik MyWorkPlace of installeer R en RStudio op je eigen laptop. De modellen voor deze cursus staan onder de knop modellen.

Tijdens het eerste deel van de cursus krijg je ook nog een aantal colleges wiskunde. We leren je werken met matrixen, vectoren, eigenwaardes en eigenvector. Uiteindelijk gaan we dat gebruiken om een Jacobi matrix op te stellen waarmee we de stabiliteit van evenwichten gaan bepalen. Deze stof zul je nodig hebben om de opgaven uit het dictaat te maken en het tentamen van 12 oktober te halen. Bij de tentamens mag je het wiskunde-dictaat WEL gebruiken.

Het tweede deel van de cursus bestaat uit een seminar en een groot project. Tijdens het seminar lezen en bespreken we een aantal artikelen. Op vrijdag 2 november is er een tentamen over alle behandelde stof en de artikelen. Dit is een "open boek" tentamen.

Daarnaast werk je deze tweede periode aan een groot eigen project (in een groepje van maximaal 3 studenten). Je mag kiezen uit een aantal recente artikelen, waarvan je eerst de modellering gaat herhalen. Daarna doe je een stuk eigen onderzoek door dit te verbeteren en/of uit te breiden. Op vrijdag 9 november geef je een lezing (in het Engels) over je project en lever je een Engelstalig wetenschappelijk geschreven verslag in. Lees de tips over het schrijven van zo'n verslag!

Ik hoop dat dit een leerzame, uitdagende en leuke cursus voor je wordt!