Biologische Modellering 2019

tree of life

Homepagina Biologische Modellering

Deze pagina voorziet in wat praktische informatie over de cursus Biologische Modellering. In de verschillende menu's kun je extra informatie over het dictaat en de computerpractica vinden. Voor inhoudelijke informatie verwijzen we naar de knop Osiris.

De belangrijkste pagina van de cursus is waarschijnlijk de Rooster pagina. Op deze agenda geven we per dag aan in welke zaal we zitten, waar we zijn met de stof, welke opgaven je kunt maken, en welke artikelen je moet lezen. De eerste bijeenkomst is op maandag 2 september in BOL-0.204 om 13:15u. Deze rooster pagina komt uit een Google-kalender (die je ook met je smartphone kunt lezen door je via deze link te abonneren).

We werken met een aantal dictaten en handleidingen en die worden bij aanvang van het eerste college voor een totaalprijs van 20 Euro wordt verkocht. Je kunt ze vanaf 20 augustus 2019 ook downloaden: het gaat in eerste instantie om het algemene Dictaat, het antwoordenboek, en het wiskundedictaat. Later in cursus verstrekken we nog een bundel artikelen.

De eerste 6 weken van de cursus leer je zelf wiskundige modellen maken en analyseren. We beginnen met een week wiskundeonderwijs waarin we een aantal tutorials aanbieden om (beter) te leren werken met parametervrije vergelijkingen. Er zijn tutorials over het oplossen van vergelijkingen en over het schetsen van functies en isoclines. In de eerste week leren we je ook werken met matrixen, vectoren, eigenwaardes en eigenvectoren. Uiteindelijk gaan we dat gebruiken om een Jacobi matrix op te stellen waarmee we de stabiliteit van evenwichten gaan bepalen.

Tijdens de werkcolleges ga je werken in RStudio met een R-script dat grind.R heet. Gebruik MyWorkPlace of installeer R en RStudio op je eigen laptop (zie de Introduction to R en het tutorials over het installeren van Grind). De modellen voor deze cursus staan onder de knop Models.

De zevende week is voorbereiding voor een toets op donderdag 17 oktober over deze stof. Bij dit tentamen mag je het algemene dictaat NIET gebruiken (de formulekaart en het wiskundedictaat wel).

Het tweede deel van de cursus bestaat uit een seminar en een groot project. Tijdens het seminar lezen en bespreken we een aantal artikelen. Op maandag 4 november is er een tentamen over alle behandelde stof en de artikelen. Dit is een "open boek" tentamen.

Daarnaast werk je deze tweede periode aan een eigen project (in een groepje van maximaal 3 studenten). Je mag kiezen uit een aantal recente artikelen, waarvan je eerst de modellering gaat herhalen. Daarna doe je een stuk eigen onderzoek door dit te verbeteren en/of uit te breiden. Op donderdag 7 november geef je een lezing (in het Engels) over je project en lever je een Engelstalig wetenschappelijk geschreven verslag in. Lees de tips over het schrijven van zo'n verslag!

Ik hoop dat dit een leerzame, uitdagende en leuke cursus voor je wordt!